《进化东京》的宿世此生：故事产生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。固然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在持续。在富士山的山脚有一间宏大教导机构——武应学园塾。这里的部门学生对德川家进行对抗，学生会履行部称其为“丰臣打猎”，并对其进行弹压。

游戏的主人公——柳生道场的代办署理师傅柳生宗朗，虽世代为德川效率，但他却对履行部的弹压举动抱有疑问，为此却被学生会号令撤走道场。撤走刻日即未来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖军队追杀逃进柳生道场机密房间后，忽然从天空堕下一名手持双刀的美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有浩繁日本汗青上的武将以少女身份呈现在宗朗眼前。

以“武应学园”为据点的抗争，已拉开帷幕！

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